Desde setembro de 2009, é possível introduzir na JUP do Porto de Setúbal os manifestos por via electrónica, através de ficheiros no formato XML.

As especificações a contemplar nos ficheiros XML decorrem da Direção-Geral das Alfândegas e dos Impostos Especiais sobre o Consumo e podem ser consultadas no site dessa entidade em : http://www.dgaiec.min-financas.pt/pt/informacao_aduaneira/sds/via_maritima/index.htm